En el estado de Querétaro abundan mucho los roedores mamíferos existen hasta 27 especies de roedores mamíferos en todo el estado de Querétaro. En san juan del rio en algunos lugares se deja ver la liebre de montaña, así como la ardilla terrestre y lo que ha dejado de haber es el tlacuache.

En cuanto a los reptiles en Querétaro tenemos distintas especies de lagartos y serpientes no venenosas en su mayoría  así como gran variedad de sapos en san juan del rio.

En Querétaro especialmente en la sierra gorda hay mucha variedad de plantas endémicas como lo son la Echinocactus platyacanthus .